绥芬河拥有边境经济合作区、互市贸易区、综合保税区、沿边重点开发开放试验区、自由贸易试验区、跨境经济合作试验区、跨境电商综合试验区等特殊功能区，形成了自贸片区“一区引领”的“多区联动”发展格局。
中国（黑龙江）自贸试验区绥芬河片区。2019年8月2日，黑龙江省正式加入自由贸易试验区方阵。绥芬河作为中国（黑龙江）自由贸易试验区三个片区之一，于2019年9月29日正式挂牌启动，面积19.99平方公里。按照国家赋予的定位，绥芬河片区立足区位优势，突出对俄特色，优化产业结构，重点发展木材、粮食、清洁能源等进口加工业和商贸金融、现代物流等服务业，建设商品进出口储运加工集散中心和面向国际陆海通道的陆上边境口岸型国家物流枢纽，打造中俄战略合作及东北亚开放合作的重要平台。
黑龙江绥芬河-东宁重点开发开放试验区。2016年4月国务院批复。规划面积1284平方公里，边境线长166公里。2017年2月，省政府出台《支持绥东试验区建设若干意见》，赋予税收、土地、产业等7方面35条优惠政策。2018年1月，印发《关于进一步支持绥东试验区建设若干措施》，在行政审批制度改革、享受省级许可事项、创新体制机制、基础设施建设等4方面赋予试验区一批扶持举措，同时下放15项省级行政许可事项、3项辖区内审批权。
黑龙江绥芬河综合保税区。2009年4月21日经国务院批准设立，国务院批复面积180公顷，2011年12月正式通关运营，是全国第六个、中俄边境首个获批的综合保税区。综合保税区在税收、贸易、外汇、加工管理等方面享有特殊优惠政策，货物入区不需提供许可证或配额、不需检验，加工复出口无需缴纳关税和海关代征增值税，加工后内销税率较低。
边境经济合作区。1992年经国务院批准设立，国批面积5平方公里，实际管辖面积调整至14.7平方公里。2013年批复成立绥芬河边境经济合作区管理委员会，2015年确定绥芬河市边境经济合作区管理委员会为省政府派出机构。2019年9月经省编委批准，设立中国（黑龙江）自贸试验区绥芬河片区管理委员会，加挂绥芬河边境经济合作区管理委员会牌子。边合区总体规划为“三园一基地”，即“中俄现代物流产业园”“龙江进出口加工园”“中俄电子商务产业园”和“国家木材储备加工交易示范基地”。
互市贸易区。中俄绥芬河—波格拉尼奇内互市贸易区位于绥芬河公路口岸与俄罗斯滨海边疆区波格拉尼奇内区边境线两侧，是1999年6月2日经中俄两国政府外交换文确认的第一个全封闭贸易区。2011年8月9日，哈尔滨海关正式批准绥芬河互市贸易区边民互市贸易享受8000元免税政策。2012年2月8日，绥芬河中俄互市贸易区边民互市贸易点正式启动运营。进口参贸商品主要以食品为主，主要品种为巧克力、糖果、饼干、面粉、饮料、蜂蜜及鱼、贝、虾等水产品。互贸国别也从俄罗斯扩展到白俄罗斯、哈萨克斯坦、韩国、吉尔吉斯斯坦、蒙古和乌兹别克斯坦等7个国家，成为进口国别最多的自贸片区。
跨境经济合作试验区。2019年12月，省政府批准设立黑龙江（中俄）跨境经济合作试验区，设立黑河、绥芬河、东宁三个片区。绥芬河片区总面积7.3平方公里，包括综合保税区、龙江进出口加工园区、中俄边民互市贸易区3个区块。片区实行“一区多园”的发展模式，整合全市主城区（含互贸区）、边合区、保税区功能作用，发挥各区的政策优势，重点发展木材、粮食、食品、水产品等进口加工产业，服装、电子产品等出口加工产业，以及旅游购物、电子商务、现代物流等产业，建设商品进出口储运加工集散中心和面向国际陆海通道的陆上边境口岸型国家物流枢纽，打造中俄战略合作及东北亚开放合作的重要平台。
跨境电子商务综合试验区。中国（绥芬河）跨境电子商务综合试验区于2019年12月15日由国务院批复成立。域内拥有4家具有自主知识产权的自建电商平台，涵盖交易、通关服务和综合信息三大类。在第三方平台注册店铺或开展销售约有163个主体，从业人数约有4000人。现已搭建跨境电子商务进出口通关服务平台，可开展跨境电商9610出口及1210保税进口业务。